Основные места обитания привязаны к водоёмам, при этом почти на любых водоёмах в пределах области обитания серая цапля — наиболее часто встречающийся вид голенастых. На значительной части ареала цапля является перелётной птицей, в других обитает круглый год. Часто держится группами, которые могут достигать значительной величины. Гнездится также обычно колониями, к которым могут присоединяться птицы других видов. Не избегает близости человека, часто встречается в культурных ландшафтах, в том числе в черте крупных городов. Серая цапля является, по-видимому, наиболее известной и хорошо изученной из всех цапель.
Мясо серой цапли съедобно, но, согласно многим отзывам, невкусно, хотя эта птица иногда добывается охотниками. В старину она была одним из излюбленных объектов соколиной охоты.
На всем ареале своего обитания серая цапля тяготеет к водоёмам. В основном цапля живёт у пресной воды, но встречается и у моря, у солёных и солоноватых озёр. Крайне желательно, чтобы водоём имел мелководные места, где цапля могла бы кормиться, заходя в воду непременными условиями для обитания и гнездования серой цапли являются наличие мелководных водоёмов, хорошая кормовая база в виде достаточно крупной добычи и климат, обеспечивающий 4—5 месяцев свободы водоёмов ото льда. Серые цапли хорошо приспосабливаются к самым разнообразным условиям. Этих птиц нет только в глухих лесных массивах. Если пищи достаточно, например, резко увеличилось количество мышей или (особенно в южных районах) появилась саранча, серая цапля может обходиться и без водоёмов.
Большинство этих птиц поселяются в отдалении от человеческих поселений, однако, поскольку при выборе места для гнездования серые цапли предпочитают поселяться вблизи хорошей кормовой базы, гнездовые колонии иногда размещаются на рыборазводных прудах, вблизи сельских поселений или на окраине городов. Там, где цаплю не преследуют, она привыкает к человеку, может гнездиться даже в центре крупных городов.
Серая цапля обычно гнездится группами, или колониями. Чаще всего в колонии бывает 10—20 гнезд, иногда больше. Обычно в большинстве районов обитания цапель в самых больших колониях бывает не более 200 птиц, однако в исключительных случаях их число может приближаться к 1000. В то же время довольно часто цапли гнездятся отдельными парами. Во многих местах цапли образуют самостоятельные колонии, в других — гнездятся совместно с цаплями других видов. Серую цаплю нельзя назвать ни дневным, ни сумеречным, ни ночным видом. Птицы активны в разное время суток и их можно наблюдать охотящимися и днём, и ночью. Время активности и предпочитаемые цаплями места добычи пищи различаются в разных местностях. Взрослые кормятся сами и добывают пищу для потомства улетая за кормом в ранние утренние часы с 02:30 до 05:35, а вечером — с 21:00 до 23:00. Днём они собирают добычу в поле или на мелководье; при этом цапли не улетают далеко от гнездовой колонии. Значительную часть времени цапля стоит, замерев, втянув шею и почти не двигаясь. Очень часто она стоит на одной ноге, поджав вторую.
Полная линька происходит у цапель один раз в году. В европейской части ареала обычно она начинается в июне, когда у основной части популяции заканчивается период размножения. Выпавшие первостепенные маховые можно найти на земле под деревьями в местах отдыха и сбора птиц на ночлег и в колониях, в течение всего лета и начала сентября. Линька контурного пера протекает медленно и, вероятно, заканчивается уже в районах зимовок.
Миграции птицы совершают обычно небольшими группами, по нескольку особей, но изредка собираются в стаи по 200—250 голов На перелётах одиночные цапли встречаются весьма редко. Перелётные цапли летят обычно на большой высоте, как ночью, так и днём. Осенью они предпочитают лететь после вечерней зари и останавливаться на дневку ранним утром
Трофеем считались длинные чёрные перья с головы цапли, удлиняющиеся в брачный период.
Однако в настоящее время цапля не считается сколь-нибудь привлекательным объектом охоты. Мясо её, по мнению одних авторов, невкусно и имеет дурной рыбный запах, поэтому она добывается охотниками лишь случайно и при неимении иной, более ценной дичи. Другие источники, напротив, утверждают, что мясо цапли отличается хорошим качеством. В российском Законе об охоте цапля отсутствует среди видов, родов и семейств птиц, названных в качестве охотничьих ресурсов страны. В любом случае, специальной охоты на серую цаплю в настоящее время не существует. Но в России на территории государственных рыбных прудов её можно отстреливать в течение всего года